Deux sous-groupes ayant leurs propres règles constitutives font partie de la SAPES :
Réseau de formateurs en pédagogie de l’enseignement supérieur
Euvrant à l’intérieur des structures de la SAPES, le Réseau de formateurs en pédagogie de l’enseignement supérieur, ci-après nommé le «Réseau», a pour mission de faciliter le développement de la pédagogie universitaire comme champ de pratique professionnelle et de recherche-action. Dans le domaine qui le concerne, le Réseau coordonne les activités de communication, de réseautage, de développement professionnel et assure la promotion des intérêts de ses membres.
Conseil du Prix d’enseignement 3M
Le Prix d’enseignement 3M vise à reconnaître l’excellence en enseignement et le leadership en matière de développement pédagogique. Depuis 2003, un groupe de réflexion, appelé le Conseil du Prix d’enseignement 3M, a été mis sur pied. Entièrement composé de professeurs gagnants du prix d’enseignement 3M, le Conseil réfléchit aux mesures susceptibles d’améliorer la formation en enseignement supérieur au Canada.